Volatile Stoffe

Fragen und Diskussionen rund um die Statistik und deren Anwendung.
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Lumi
Beiträge: 2
Registriert: 26.05.2019, 17:20

Volatile Stoffe

Beitrag von Lumi »

Hallo zusammen

Ich habe für eine Arbeit 40 Duftstoffe von jungen und alten Pflanzen gesammelt und muss diese nun auswerten. Die Werte habe ich normiert mit dem Gewicht der pflanzen.

Um es visuell darzustellen habe ich im RStudio versucht diese mittels eines PCA-Biplots darzustellen. Ich habe bei den Pflanzen zwei Altersgruppen sowie 3 "Treatment" Untergruppen.
Hier das erste Problem: Ich würde gerne die Gruppen nach Alter unterschiedlich einfärben (gelb und blau zb) plus je nach Treatment eine andere Form geben (Dreieck, Viereck, Kreis) jedoch kann ich immer nur entweder das eine oder das andere. Vielleicht hat hier jemand eine Idee?
Hier mein R-Code:

fviz_pca_biplot(mod.pca, geom.ind="point",
fill.ind =as.factor(VC$Age),col.ind="black",
pointshape=21,pointsize=2, palette="jco",addEllipses=TRUE,
alpha.var="contrib",col.var="contrib",
gradient.cols="RdYlBu",
legend.title=list(fill="Age", color="contrib", alpha="Contrib"), labelsize=2)


Dann zu meiner Hauptfrage: Mit welchem Statistischen Test finde ich nun die signifikant nach Gruppe unterschiedlichen und damit interessanten Duftstoffe? Entweder indem ich jeden Duftstoff einzeln analysisiere oder wenn es irgendwie ginge alle in einem Test, da manche eventuell zusammenhängen..?

Vielen lieben Dank im Voraus
Liebe Grüsse
Lumi
dutchie
Beiträge: 2640
Registriert: 01.02.2018, 10:45

Re: Volatile Stoffe

Beitrag von dutchie »

hallo Lumi

Bin mir nicht sicher, ob ich deine datenblage verstehe.
Du hast an N Planzen 40 verschieden Duftstoffe festgestellt, also die Menge dieser Duftstoffe?
d.h auch du hast 40 Variablen erhoben..jede pflanze wird mit 40 zahlen beschrieben!
Die Pflanzen gehören zur selben Art (also nur Gänseblümchen)?
In diesen PCA-Biplot hast du dann diese 40 Variablen auf 2 Dimensionen (Variablen)
heruntergebrochen,ersetzt durch nur zwei Variablen? ??
das heißt die menge der verschiedenen duftstoffe korreliert ?

Also jede gruppe kann beschrieben werden mit der mittleren Menge an Duftstoff x
dann vergleichst du die Mittelwerte mit eine ANOVA auf Mittelwertsunterschiede
univariat für einen Duftstoff, oder multivariat MANOVA falls die Duftstoffe oder zu Duftstoffgruppen irgendwie
zusammengehören.. denk ich mal spontan, ich weiß aber nicht was ein interessanter Duftstoff ist?
Das vorgehen hat aber Voraussetzungen....

so weit so gut, ich erwarte jetzt erst mal dein feedback...

gruß
dutchie
Lumi
Beiträge: 2
Registriert: 26.05.2019, 17:20

Re: Volatile Stoffe

Beitrag von Lumi »

Hallo dutchie

Vielen vielen Dank für deine rasche Antwort!
Ich versuche sonst meinen Versuch nochmals ein wenig genauer zu erklären :)
Also ich habe insgesamt 18 junge Pflanzen (10 Pflanzen Treatment a, 4 Pflanzen Treatment b, 4 Pflanzen Treatment c) sowie 18 alte Pflanzen (ebenfalls 10 Pflanzen Treatment a, 4 Pflanzen Treatment b, 4 Pflanzen Treatment c). Insgesamt habe ich wie du gesagt hast 40 Duftstoffe gefunden, davon kommen aber nicht alle in beiden Altersstufen bzw. in allen Treatments vor oder zumindest nicht zu gleichen Teilen. Die Pflanzen unterscheiden sich nur im Alter und den Treatments, sie gehören alle zur selben Art.

Wie du richtig erkannt hast könnten die Duftstoffe auch irgendwie zusammengehören (positiv oder auch negativ korrelieren, das weiss ich jedoch nicht). Ich würde gerne herausfinden welche Duftstoffe pro Altersstufe das Treatment c beschreiben bzw. Dufstoffe finden die signifikant mehr oder weniger ausgeschieden werden, wenn ich Treatment c angewandt habe als wenn a und b gemacht wurden.

Dein Vorschlag mit der MANOVA tönt sehr gut. Würdest du in diesem Fall Alter und Treatment als abhängige Variablen setzen, alle volatilen Stoffe als unabhängige in einer Matrix?

Vielen Dank nochmals und liebe Grüsse
Lumi
dutchie
Beiträge: 2640
Registriert: 01.02.2018, 10:45

Re: Volatile Stoffe

Beitrag von dutchie »

hallo Lumi

ok es wir klarer..
dutchie hat geschrieben:Würdest du in diesem Fall Alter und Treatment als abhängige Variablen setzen, alle volatilen Stoffe als unabhängige in einer Matrix?
no no ..also wenn dann sind alter und treatment die unabhängigen Variablen und die düfte die abhängigen.
problem ist aber dass nicht alle düfte überall gemessen worden sind! und problem ist die kleine stichprobe
36 pflanzen auf 6 gruppen! also mit Signifikanztest wird das schwierig! und bei 40 düften bzw AVs..
aber schau dir erst mal die mittelwerte der düfte in abhängigkeit von den gruppen an..

wie war das mit der Faktorenanalyse (PCA)? das klärt doch die zusammenhänge der düfte, waren das wirklich nur zwei faktoren
das ist aber auch problematisch bei 40 AVs und nur 36 Fällen..

das ganze klingt vielleicht auch eher nach einer diskriminanzanalyse, weil ich glaube auf signifikanz kommt es erst mal garnicht an, richtig?
das ganze klingt eher explorativ!...

gruß
dutchie
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