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Statistikteil medizinischer Forschung (Chi²,t-test vs GEE)

Statistikteil medizinischer Forschung (Chi²,t-test vs GEE)

Beitragvon Clara93 » 22.02.2019, 18:00

Hallo,

ich bin neu in der Statistikwelt und habe ein paar wenige Fragen zu einem medizinischem Projekt an dem ich sitze.

Situation
Folgende Angaben sind nur Beispiele. Es handelt sich in Wirklichkeit um ca. 500 Patienten und 15.000 Blutwerte.
Excel Datei 1:
- Beinhaltet Blutproben von Patienten.
https://imgur.com/BOo7F7a

Excel Datei 2:
- Beinhaltet Informationen der Patienten bzw. deren Krankengeschichte
https://imgur.com/tO8KxRT

Das einzig gemeinsame was die beiden Datensätze haben sind also die Patientencodes am Anfang.

Was möchte ich gerne herausfinden?
1. Zunächst möchte ich gerne wissen, ob eine Phosphatmessung stattfand (Analysecode 'PHOS') und wenn ja, ob mind. eine von diesen bei dem Patienten <0.80 lag ('Reply' column), aka Hypophosphatemia.
2. Hypophoshatemia vs. Normales Phosphate für die jeweiligen Kategorien der Krankengeschichte https://imgur.com/7qROcHm
3. anschließende Analyse der potential predictors of hypophosphatemia um mögliche independent predictors zu finden https://imgur.com/opbTK4r

Meine Überlegungen
Generell/Excel
- Ich muss die beiden Dateien irgendwie kombinieren. Dafür habe ich die Blutwerte in die Patientendaten-datei kopiert und die Patientencodes in die Anfangskolonne eingefügt und den Rest dann in unbesetzte Kolonnen am Ende.
- Für die Kategorisierung als "Hypophosphatemia" kann ich folgende Commands verwenden:
O: =IF(AND(L17<0.80),1,IF(AND(L17>=0.80),0))
P: =IF(K17="PHOS",1,0)
Q: =IF(AND(O17=1,P17=1),1,0)
https://imgur.com/eqAwHNV

Statistik
Für die Einteilung der verschiedenen Infos der Krankengeschichte nach 'all', 'Hypophosphatemie' und 'normal phosphat' (https://imgur.com/7qROcHm) kann ich mit excel wohl nicht weiter fortfahren, da die Messungen ja einem Patientencode zugewiesen werden sollen und zudem ein Wert <0.80 für die Kategorisierung "hypophosphatemie" ausreichend ist. ( :shock: Ich hoffe das macht Sinn).
Ich bin mir ich auch nicht sicher, ob ich für die dichotomen Daten einen Chi²-test anwenden kann und für den Rest einen unpaired t-test. :( Ich habe da mal aufgeschnappt, dass eine logistische Regression/Generalized Estimating Equation eher geeignet sein soll. :?

Welche Programme habe ich zur Verfügung?
Kostenlos bekomme ich leider nur R und SPSS gestellt und kein PRISM GraphPad, von dem ich zumindest minimal Ahnung habe. Ich werde somit wohl primär SPSS benutzen.


Falls sich jemand die Mühe macht und mir hilft, bin ich der/demjenigen sehr dankbar!
Schönes Wochenende!
Clara93
 
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Registriert: 22.02.2019, 15:28

Re: Statistikteil medizinischer Forschung (Chi²,t-test vs GE

Beitragvon MöchtegernStatistiker » 24.02.2019, 21:50

Ich kann dir mit deinem eigentlichen statistikproblem nicht weiterhelfen, hätte aber einen tipp zu deinem umgang den mit excel tabellen:
Die formeln hast du ja ganz gut ausgeklügelt. Aber die daten so zusammenzukopieren wie du das tust endet oft in katastrophen. Unterschiedliche arten von daten (in deinem fall also patientendaten und daten einzelner laboranalysen) sollte man IMMER sauber getrennt halten. Das ist das oberste gebot bei jeder art von datenbankverwaltung. Derjenige, der die tabellen angelegt hat, wusste das und hat alles sauber getrennt abgespeichert und mit einem sinnvollen primärschlüssel (patientencode) verknüpft. Du verwandelst das ganze mit deiner herangehensweise im Nu in ein großes Chaos.
Man kann auch problemlos auf andere tabellenblätter referenzieren, diese möglichkeit solltest du nutzen. Tu dir selbst einen gefallen und nimm eine excel tabelle mit drei tabellen blättern: blatt eins: patientendaten. Blatt 2: Messwerte. Blatt 3: deine Hypophosphatämie-berechnungen (OHNE dort irgendwelche werte aus blatt 1 und 2 hinzukopieren)
Primärschlüssel in blatt 3 ist dann selbstverständlich wieder der Patientencode. Wenn das für dich praktischer ist, dann kannst du die Hypophosphatämie-Spalte zusätzlich in die Patiententabelle spiegeln, aber dann unbedingt als Referenz, nicht einfach die Zahlen kopieren. Die zweitwichtigste regel ist nämlich: Niemals harte zahlen an zwei verschiedenen stellen speichern, sonst sind inkonsistenzen vorprogrammiert.
MöchtegernStatistiker
 
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